La sacca ovarica, estratta dal pesce femmina senza romperla, viene lavata per eliminarne le impurità e poi sottoposta a salatura (ricoperta con sale marino), avendo cura di rivoltare quotidianamente le sacche e di sostituire periodicamente il sale), pressatura e stagionatura.

In Italia la bottarga di muggine viene prodotta principalmente in Sardegna ( sono famose quelle di Alghero, Stintino e Cabras ) e in Toscana ( famosa la bottarga di Orbetello, nella Maremma grossetana). La bottarga di tonno viene invece prodotta principalmente nelle tonnare di Carloforte in Sardegna, di Favignana, Trapani, Marzamemi e San Vito Lo Capo in Sicilia e in Calabria.
L'origine del prodotto sembra essere stata fenicia, ma il termine bottarga deriva dall'arabo butārikh che significa "uova di pesce salate".

Gli arabi erano famosi nell’area del Mediterraneo per le loro affinate tecniche culinarie, che prima trasmisero agli spagnoli e poi agli italiani, spesso assieme al nome dei prodotti. Nella Lingua sarda essa viene chiamata butariga conservando una forte assonanza col termine arabo.

Esistono specialità simili anche su altri tratti costieri del Mar Mediterraneo (la poutargue nel franco-provenzale) dove viene anche chiamata caviale del Mediterraneo.

Ad Alghero e nella Spagna catalanofona (soprattutto nella provincia di Alicante) è diffuso un tipo di bottarga (huevas de maruca) ottenuto dalle uova di molva, una specie di merluzzo, di colore è arancione carico e con una sapore meno deciso di quelle di muggine e tonno.